辣椒根腐病通常病部仅局限于根部和茎基部。植株发育不良，较矮小。后期病株白天萎蔫，傍晚至次日清晨尚可恢复，反复多日后植株枯死。早春和初夏阴雨连绵、高温、高湿、昼暖夜凉的天气有利发病，种植地低洼积水，田间郁闭高湿，茎节受蝼蛄为害伤口多，或施用未充分腐熟的土杂肥，会加重病情。连作地、低洼地、粘土地发病重。
形成辣椒根腐病的病因大致有如下四条：
1、雨水、灌溉时，水量过大，造成根部水分过多，如果排水不及时，辣椒根部就会腐烂。
2、光照不足，低温高湿，土壤粘性过大，土壤结块，通风不好
3、由于栽种作物的地方培土过高，两侧开沟施肥或除草时，造成根系的损伤。
4、长期使用化肥，使土壤里滋生很多细菌，有害物质排不出去。
辣椒根腐病的预防及治理方法
1.农业措施
1.1因地制宜种植早熟品种。施用充分腐熟的有机肥，采用配方施肥技术，有降低发病的作用。与豆科、禾本科作物进行3～5年轮作。
1.2选用无病种子，从无病果实上采种。在定植前用如金种植专用（原液）浸泡辣椒根系，然后定植，可以使得辣椒根系强壮，辣椒植株浓密茂盛。
1.3定植后温度控制在20～30℃、地温25℃、湿度不高于90％。使幼苗茁壮成长。
1.4采取高畦（垄）栽培。避免大水漫灌，雨后及时排水，防止田间积水。灌水和雨后及时中耕松土，增强土壤通透性，促进根部伤口愈合和根系发育。
2.微生物防治
在辣椒地里使用根腐病专用，它可以固氮、解磷、解钾，能充分利用空气中的氮，通过有益菌生长代谢产生相应的酶和酸，可对土壤中难溶性的磷、钾进行分解，便于植物吸收。使植株“强壮”，以增强抗病力。
根腐病专用的使用方法是拌土施用或随水浇灌、滴灌。
